scRNA · scATAC · scHi-C · spatial
多模态单细胞与三维基因组
把分析过程写清楚,把能复现的经验留下来。
文献读到哪一步,参数为什么这样调,流程在哪次复现后真正跑通,都可以在这里留下清楚的记录。方便自己回看,也方便下一位成员接着做。
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原理、分析步骤、参数记录和常见问题,都按实际使用顺序整理。
01
单细胞转录组 scRNA
细胞类型、状态与调控网络
CellRanger · 注释 · DEG · Monocle · SCENIC · WGCNA · CCI
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02
染色质开放 scATAC
调控元件与转录因子活性
SnapATAC · chromVAR · DAR · AME · BETA · Cicero
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03
三维基因组 scHi-C
TAD、loop 与区室结构
pairtools · cooler · scGAD · TAD · Loop · HiRES
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04
空间转录组 Spatial
组织原位的表达与结构域
cell2location · 空间可视化 · Spot 注释
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05
跨模态整合 Multi-omics
把 RNA / ATAC / Hi-C 拼成一张调控图
SCENIC+ · AME × DEG · HiC × RNA × ATAC
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06
建库与测序 Sequencing
每个模态的建库化学与测序策略
3C→Hi-C · scRNA/ATAC 建库 · 读长与策略
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07
RNA 空间互作 RIC-seq
RNA–RNA 邻近连接、eRNA/uaRNA、E–P 互作
pCp-biotin · chimeric reads · eRNA-uaRNA · vs Hi-C
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